Là một đơn vị nằm trong hệ thống Liên minh HTX Việt Nam, tiền thân của Viện Phát triển kinh tế hợp tác là Viện Kinh tế hợp tác và các loại hình HTX được thành lập năm 1995. Hiện nay, Viện không chỉ hoạt động trong lĩnh vực nghiên cứu khoa học về kinh tế tập thể mà còn mở rộng sang các lĩnh vực khác như đào tạo và bồi dưỡng, tư vấn và chuyển giao khoa học… Sự hình thành và phát triển của Viện Phát triển kinh tế hợp tác được khái quát trong 2 giai đoạn chính sau:

     Từ năm 1995 đến năm 2011

Viện Phát triển kinh tế hợp tác (tên gọi trước đây là Viện Kinh tế hợp tác và các loại hình hợp tác xã) được thành lập theo Quyết định số 574/HĐTW – QĐ ngày 04/08/1995 của Chủ tịch Hội đồng Trung ương Liên minh các HTX Việt Nam (nay là Liên minh HTX Việt Nam). Từ năm 1995 – 2011, đội ngũ cán bộ của Viện là các cán bộ kiêm nhiệm công tác quản lý và giảng dạy tại trường Cao đẳng kinh tế kỹ thuật trung ương trực thuộc Liên minh HTX Việt Nam.Trong giai đoạn này, Viện đã có những đóng góp quan trọng trong nghiên cứu cơ sở lý luận và thực tiễn nhằm phát triển các kinh tế hợp tác, hợp tác xã thông qua hàng chục đề tài, dự án, nhiệm vụ khoa học và môi trường. Những nghiên cứu mà Viện đã thực hiện, cùng các mô hình thí điểm đã được triển khai là cơ sở phát triển nhận thức cũng như nâng cao hiệu quả hoạt động của hệ thống HTX trên cả nước.

     Từ năm 2011 đến nay

Đến cuối năm 2011, Bộ máy tổ chức và hoạt động của Viện được kiện toàn.  Ngày 12/10/2011, Viện Kinh tế hợp tác và các loại hình hợp tác xã được đổi tên thành Viện Phát triển kinh tế hợp tác theo quyết định 800/QĐ-LMHTXVN của Liên minh Hợp tác xã Việt Nam. Và hiện nay Viện thực hiện quy chế tổ chức và hoạt động theo Quyết định số 458/QĐ – LMHTXVN ngày 08/04/2013 của chủ tịch LMHTX Việt Nam. Đây là dấu mốc quan trọng trong quá trình hoạt động của Viện, đánh dấu hướng phát triển mới của Viện là một đơn vị sự nghiệp khoa học công nghệ có tư cách pháp nhân, biên chế, có con dấu, tài sản và tài chính.